La futura estación de Astigarraga, que estará elevada sobre las vías, se ejecutará de forma coordinada con los trabajos del «tercer hilo» entre Astigarraga-Irun y el desarrollo del tramo de la Y vasca Hernani-Astigarraga.
El edificio de la estación está configurado como un espacio rectangular sobre las vías, semiacristalado en sus fachadas norte y sur, y resuelto mediante estructura de acero.El nuevo edificio se sitúa en paralelo a la pasarela que le da acceso, por su fachada norte, teniendo las escaleras para bajar a los andenes en su fachada sur.
En el interior se disponen dos ascensores en cajas acristaladas, que garantizan la accesibilidad hasta los andenes para personas de movilidad reducida.
En el vestíbulo se sitúan dos volúmenes edificados destinados a los cuartos técnicos de la estación, dejando un único acceso central a la propia terminal donde se instalarán las canceladoras. Asimismo, existe un recorrido junto a la fachada sur de 3 metros de anchura que permite el cambio de andén sin salir del recinto.
