En lo que respecta al Ayuntamiento, el equipo de gobierno ha seguido los consejos técnicos del Área de Urbanismo, Infraestructuras y Servicios Municipales remitiendo al Gobierno español un único proyecto alternativo. El proyecto hace referencia a resolver los cruces del río Kastaños y Kadagua, previstos primeramente a través de puentes de 176 y 505 metros respectivamente. Así, se propone que el trazado del tren discurra a lo largo de túneles en el municipio de Barakaldo. «Nuestra principal apuesta se basa en el soterramiento del trazado que realizaría el tren en terrenos de Barakaldo. Las y los técnicos del área consideran que se trata de una opción técnicamente posible por lo que se ha preferido invertir todas las fuerzas en esta propuesta, sin dar opción al gobierno central de desviarse hacia otra alternativa», ha explicado el concejal de Medio Ambiente, Gorka Zubiaurre.
Esta opción no afectaría a la funcionalidad del proyecto, el transporte de mercancías hasta y desde el Puerto de Bilbao, el coste de la ejecución se disminuiría, ya que evitaría entre otras cosas el coste de la adquisición de terrenos y medidas de prevención para evitar la contaminación acústica. Por último, se evitaría el impacto medioambiental que plantea la proyecto de Fomento. Junto a la propuesta planteada por el Ayuntamiento se han remitido las alegaciones que plantean las diferentes asociaciones vecinales y ecologistas que han mostrado interés por frenar el impacto medioambiental previsto en Barakaldo con el trazado de la variante, entre las que también aparece el soterramiento del trazado o la utilización de las vías ferroviarias actuales.
«Esperamos que Fomento estudie las alternativas que presentamos y se dé cuenta de que Barakaldo está completamente en contra del trazado que tienen previsto. En ese sentido, apelamos a la receptividad de las alegaciones presentadas por Barakaldo y que podamos tener una respuesta afirmativa a las mismas», ha indicado Zubiaurre.